Tidak semua pondok pesantren memiliki izin operasional dan memenuhi standar kelayakan sebagai sebuah pondok pesantren. Untuk wilayah Kabupaten Berau hanya ada 2 pondok pesantren yang telah memperoleh izin operasional dari Kementrian Agama setempat.
Kini Pondok Pesantren Nurul Muhajirin hadir di tengah-tengah masyarakat, sebagai salah satu pondok pesantren yang mendapat piagam izin operasional dari Kementrian Agama Kab. Berau.
Berikut Copy piagam dan Surat Keputusan (SK) yang diterbitkan oleh Kementrian Agama Kabupaten Berau :

Copy Piagam Izin Operasional Pondok
Berikut ini bisa dilihat piagam dan SK yang dimaksud, silahkan d klik untuk di zoom agar lebih jelas :